Jeden japonský priemyselník, pod vplyvom americkej módy, sa rozhodol začať budovať individuálne atómové prístrešky, nemohli však založiť hromadnú výrobu a jediný vybudovaný prístrešok bol opustený. O päť rokov neskôr postavila stavebná spoločnosť pomocou nadácie bunker trojpodlažnú budovu, ktorej zadná časť priliehala na svah. V tomto dome sa usadil muž, ktorý dobrovoľne opustil spoločnosť. V nedávnej minulosti bol osobným tajomníkom slávneho politika, oženil sa so svojou dcérou a inzeroval atómové prístrešky v stavebnej spoločnosti, ktorú kontroloval jeho svokor.

Jedného krásneho dňa však vzal od svojej manželky päťročného syna, ktorého lekári považovali za mentálne retardovaného, ​​a začal s dieťaťom žiť ako odpočinok v útulku. Sám sa ustanovil za zástupcu tých, ktorých na tomto svete najviac miloval - stromov a veľrýb. Zmenil svoje meno, aby zdôraznil svoju novú podstatu, a začal sa nazývať Ooki („mocný strom“) Isanou („statočná ryba“). Venuje sa prehliadaniu fotografií veľrýb a sledovaniu ďalekohľadov na stromy, ktoré vonku rastú. Aby bol bližšie k prírode, urobil dieru v podlahe bunkra 30 x 30 centimetrov a zamyslel sa, položil svoje bosé nohy na skutočnú zem. Isana nahrala hlasy rôznych vtákov a jeho syn Dzin sa ich naučil presne rozpoznať: ukázalo sa, že chlapec má nezvyčajne horlivý sluch.

Akonáhle dôjde k incidentu v bažinatej nížine, ktorá je viditeľná z okien útulku. Mladé dievča zvádza policajného agenta a jeho priatelia na neho zaútočia a zoberú mu zbraň. Aby sa zachránil, agent vyberie najviac slabých útočníkov, a keď to vynašiel, dá do ruky pútko, zatiaľ čo klikne na druhý pút na ruku. Teenageri zbili agenta a chlapec sa pokúsil odrezať ruku, aby utiekol. Policajný agent uvoľní putá a utečie a tínedžeri na neho dlho kričia.

Izana, ktorá bola s nimi duchovne spojená, vidiac, že ​​stromy boli pokryté mladými listami a nadobudli pocit úplnej bezpečnosti, sa tiež cíti chránená a opúšťa úkryt. Rovnako ako rastliny sa prebudí z hibernácie a hľadá cestu von pre energiu, ktorá sa v ňom nazhromaždila. Spolu s Jinom nastúpi do autobusu a ide do parku, ale prichádzajú príliš neskoro: park je už uzavretý a jazda nefunguje. Strážca im však chýba a v opustenom parku sa stretávajú so skupinou agresívnych tínedžerov, z ktorých jeden má oviazanú ruku. Isana cíti nezodpovedný strach a rýchlo sa vracia do útulku. Keď ideme do obchodu a necháme Jina doma, Isana tiež zažije strach. V noci má nočné mory. Má pocit, že ich prístrešie sa stále sleduje. Keď objaví kresbu na stene domu - kruh a kríž. Isana farby vedľa tohto vzoru očí. Stretáva sa s dievčaťom neďaleko jeho domu, ktoré mu ponúka spánok v šatni slávnej herečky v opustenom filmovom štúdiu, ktorá stojí trochu ďalej od bažinatej nížiny. Isana nič neodpovedá a odchádza a v noci počuje šplhanie tínedžerov na streche a obavy o Jin, ktorého krehká mentálna rovnováha je tak ľahko naštvaná.

Nasledujúci deň Isana pozrie ďalekohľadom na zrúcaninu filmového štúdia a uvidí nahé dievča v okne pavilónu. Zrazu si všimne skupinu tínedžerov, ktorí ho obviňujú zo špionáže. Pýtajú sa, prečo tu Isana a Jin žijú bez toho, aby s niekým hovorili. Isana im vysvetľuje, že je právnikom pre stromy a veľryby. Tí, ktorí sa vyhrážali odvetou, prinútili Isana nechať chlapca vo svojom dome, tínedžera, ktorého rana sa začala hnisať, a Inago, práve dievča, ktorá navrhla, aby Isan spal s ňou. Isana chodí do lekárne na lieky pre pacienta, zatiaľ čo Inago sa stará o Jin. Na Isanovo prekvapenie dievča zaobchádza s dieťaťom opatrne a pozorne.

Jeden z tínedžerov Takaki rozpráva Isane o veľrybe. Ako dieťa Takaki o ňom počul, sníval o ňom, ale nikdy ho nevidel. Názov „Veľrybí strom“ dáva Isanovi vľúdny pocit, začína mu tiež vyzerať, že taký strom existuje. Po návrate z lekárne Isana spadne z bicykla. Tínedžeri sa smejú, vôbec si nemyslia, že môže byť zranený. Isana žasne nad ich krutosťou. Takaki prichádza pre Isanu v ukradnutom aute a pokračuje v príbehu veľrybárskeho stromu. O niekoľko dní neskôr, Takaki ukáže Isane vyrovnávaciu pamäť teenagerov: usadili sa v opustenom filmovom štúdiu. Demontovali škuneru, ktorý mal strážiť jeden z nich, čiastočne ho odtiahol do jedného z pavilónov, a potom ho zhromaždili a začali študovať námornú službu, aby sa neskôr mohli vylodiť. Tínedžeri sú zjednotení v Únii slobodných námorníkov a žijú tu, vybavujú kabíny v suteréne.

Keď videl, že Takaki priniesol Isana, chlapca, ktorý sa takmer zotavil a vrátil sa ku škunerovi, chce zastreliť „tohto šialeného muža“: nikto iný by nemal vedieť o ich vyrovnávacej pamäti. Isana sa nebojí smrti: Inago sa o chlapca stará tak dobre, že sa dokáže bez otca. Ale Isana musí splniť svoje poslanie - povedať nováčikom z iných svetov, že to nebol pán, ktorý vládol na Zemi, ale veľryby a stromy. Boj sa obáva, že ich Isana nahlási polícii, ale všetci ostatní tínedžeri sú s Isanom dôverní a ponúknu mu, aby sa k nim pridal.

Muž prezývaný Korotky, ktorý má už štyridsať rokov, takže je ešte starší ako Isan, hovorí, že v tridsiatich piatich rokoch sa zrazu začal zmenšovať a stále sa zmenšuje. Jeho končatiny sa zdajú byť príliš dlhé v porovnaní s príliš krátkym telom. Bol poslaný do psychiatrickej liečebne, ale odtiaľ utiekol. Vo svete bežných ľudí nemá miesto a v spoločnosti adolescentov sa cíti normálne. Pri počúvaní Isanových úvah o stromoch a veľrybách dospievajúci dospievajú k záveru, že má to, čo im chýba: schopnosť vyjadriť svoje myšlienky slovami. Sú presvedčení, že jeho vynikajúce ovládanie slova im môže byť užitočné.

Isana sa priznáva svojim tínedžerom svoje hriechy: keď bol jeho sekretárkou svokra, priniesol k nemu chlapcov a oddával sa jeho zvrátenosti. Akonáhle omylom zabili chlapca a odvtedy Isana nepoznala mier. Ako „špecialista na slová“ Isan začína študovať angličtinu u tínedžerov, pričom pre anglický preklad si vybral „Moby Dicka“ a Dostojevského. Najprv sa obáva, že rozhovory starého muža Zosimu sa zdajú pre tínedžerov príliš morálne, ale s veľkým záujmom počúvajú a slovo „modlitba“ ich doslova zachytáva. Na Isanove prekvapenie sa dospievajúci naozaj zamilovali do Jin a užívali si počúvanie vážnej hudby. Isana žije v očakávaní konca sveta a tínedžeri čakajú na veľké zemetrasenie - majú veľa spoločného.

Teenagerov priťahuje Únia slobodných námorníkov vojakom sebaobranných síl - milovanej Inago. Chcú, aby ich učil, ako zaobchádzať so zbraňami. Isana žiada svoju manželku Naobi, aby našla miesto na pobreží, kde by spolu so svojimi priateľmi mohli žiť dva až tri týždne. Naobi pre nich takéto miesto nachádza v Izu, ale Korotky sa tam dopúšťajú zrady - fotografuje vojenské cvičenia Únie slobodných námorníkov a týždenne predáva fotografie. Chce prinútiť tínedžerov, aby ho zabili, veriac, že ​​zločin ich spojí a urobí z Únie slobodných námorníkov vojenskú organizáciu. Tínedžeri usporiadajú súdny proces s Korotkami, počas ktorého jeden z nich - Tamakichi - náhodne zraní Korotky. Dospievajúci si uvedomujúc, že ​​krátka rana je smrteľná, rozhodli sa ho popraviť. Každý z nich na neho hodí kameň. Isana a vojak stoja oddelene. Vojak, schmatol naložený guľomet a hádzal Inago, sedel na motorke a utiekol. Teenageri sa vydali na prenasledovanie. Jeden z nich - Tamakichi - hodí na rybárskeho škunera granát. Rozsvieti sa škuner a na vojaka padá podozrenie. Vojak spácha samovraždu. Inago sa stala utečenkou Isan, Isan, Dzini, Inago, ktorá sa vracia do Tokia. Tam sa s nimi stretnú tínedžeri: ničia filmové štúdio, nemali kam ísť a po rozbití okna sa dostali na Isanov úkryt.

V pavilóne vo filmovom štúdiu bola iba jedna bitka: nikdy nesúhlasil s opustením škuneru. Aby nespadla do nesprávnych rúk, vyhodí ju do vzduchu. Pracovníci ničiaci filmové štúdio porazili chlapca. Tamakichi vezme zomierajúci súdruh na kliniku na Tokijskej univerzite a zanechá ho v podloubí. Tínedžeri uvažujú, čo robiť ďalej. Isana žiada Naobi, aby pomohol získať peniaze na to, aby sa loď mohla plaviť s tínedžermi. Naobi sa nominovala do volieb a Isana dúfa, že je pre ňu výhodnejšie, aby manžela a syna plávala v mori a chránila veľryby, než aby sedela v atómovom útočisku. Naobi sľubuje, že ponúkne stavebnej spoločnosti na kúpu úkrytu a pôdy od Isana - výťažok bude stačiť pre plánovaný podnik. Len pre prípad, že dospievajúci dodávajú jedlo - ak majú byť obkľúčení, budú ich potrebovať v prístrešku, ale ak sa očakáva, že budú vyplávať, vezmú ich so sebou. Aby neohrozila dieťa, ponúknu tínedžerom Isan a Jin, aby opustili prístrešok, ale Isana chce informovať svoju manželku o tom, že oni a Jin sú zajatí - potom určite dá k dispozícii loď. Z okna prístrešia sú viditeľné policajné autá. Budovu obklopil motorizovaný oddiel. Teenageri strieľajú, polícia vystrelila slzný plyn. Naliehajú na obliehaných, aby sa vzdali.

Teens čaká na príchod Isanovej manželky. Naobi prichádza, ale tvrdí, že ani v mene života svojho dieťaťa sa nebude zaoberať zločincami. Tínedžeri bojujú statočne, ale moc nie je na ich strane a zomierajú jeden po druhom. Je zrejmé, že už nepotrebujú loď: stále sa nemohli plaviť, pretože boli zabití navigátor a radista. Tamakichi má v úmysle bojovať až do konca, ale nechce, aby Únia slobodných námorníkov zmizla bez stopy. Vyzýva Takaki, aby odišiel a oživil ho. Isana rezignuje ako špecialista podľa Zväzu slobodných námorníkov, teraz je plne oddaný povinnostiam veľrybárskeho a stromového zástupcu. Takaki pripúšťa, že jeho príbeh o veľrybe je fikciou, ale Isana namieta, že akonáhle nemôže ísť do Takakiho domu a byť o tom presvedčený, nič mu nebráni veriť, že veľryba existuje. Takaki s bielou vlajkou opúšťa úkryt, za ním nasleduje Inago s Jin v náručí a lekár (bývalý študent lekárskeho ústavu). Kým idú do auta, polícia ich porazila.

Keď auto odvedie tých, ktorí sa vzdali, k úkrytu jazdí hasičské vozidlo s žeriavom a začne stavbu zničiť. V útulku zostali iba Isana a Tamakiti. Isana ide dole k bunkru. Položil nohy na zem a počúval film s výkrikmi veľrýb. Voda bije fontánu: vyhodený hasičským motorom, unikla pod základ a upchala sa na mieste, kde bola v podlahe otvor. Kryt šachty stúpa, sú počuť strely. Isana strieľa späť. Voda stúpa stále vyššie. Pokiaľ ide o duše stromov a veľrýb, Isana im pošle posledné odpustenie a zomrie.