Počas svadobného dňa Borisova na tróne vypočítajú bojari ovocie svojej vlády: potlačené morové prostredie, ukončené vojny a úrodu. Prekvapuje ich, ako dlho ho musel Godunov presvedčiť, aby prevzal moc, a iba hrozba exkomunikácie ho k tomu prinútila. Boris sa vracia z katedrály a má v úmysle prijať veľvyslancov. Voeikov oznamuje víťazstvo nad Sibírskym chánom. Anglický veľvyslanec ponúka nevestu Carevichovi Fedorovi; papal nuncio - dohoda o zjednotení cirkví; Veľvyslanci Rakúska, Litvy, Švédska a Florentska s úctou žiadajú niekoho o pomoc s peniazmi alebo jednotkami, ktorí uznávajú svoj majetok. Perzský a turecký veľvyslanec sa navzájom obviňujú z napadnutia Iberie, veľvyslanec iberského kráľa žiada o ochranu. Cár dáva primeranú odpoveď všetkým, plnú dôstojnosti a sily, a nariaďuje všetkým, aby mali vstup do kráľovských komôr („Medzi ruským ľudom a carom neexistuje žiadna prekážka!“). Boris sám víťazí a pamätá si na smrť princa, sám rozhodne: potom nevyhnutná cena za veľkosť štátu. Krátko po tom, čo Boris čaká v kláštornej cele, aby si nechal ostrihať vlasy, Boris počúva správy Semyona Godunova o Romanovoch, ktorí nie sú spokojní so zrušením sv. Juraja; proti Vasilii Shuiskyovi, pracovitému a nespoľahlivému sluhovi, ktorý je však presvedčený o svojej sile a nechce nikoho potrestať. Objaví sa Irina a Boris, ktorý jej pripomenul svoje očkovanie na ceste k moci, žiada, aby ho ospravedlnil a pripustil, že prosperita Ruska stojí za nepravdu, ktorou sa stal kráľom. Irina, ktorá schvaľuje svoje kráľovstvo, požaduje, aby nezabudol na svoju vinu a neodpustil sa. Zostali sami so sebou, rozišli sa.

V paláci počúvajú deti Borisa, Fjodora a Xénie príbehy kresťana, dánskeho vojvodu, snúbenca Xénie - o tvrdom detstve, o návrate pred súdom, o bitkách vo Flámsku so španielskymi jednotkami, ale keď si Fedor sťažuje na svoju nečinnosť, kresťan si všimne, že jeho pozícia, ktorá mu umožňuje študovať vládu pod múdrym panovníkom, je omnoho hodnejšia. Christian rozpráva, ako miloval Ksenia podľa príbehov veľvyslancov, obchodníkov a väzňov, ktorí spolu s veľkosťou Ruska oslavovali krásu, inteligenciu a pokornosť princeznej. Začnú hovoriť o Borisovi a každý súhlasí s láskou k cárovi, ktorý sa zabudne na slávu a pohodu štátu. Všetci traja prisahajú, že si navzájom pomáhajú. Christian žiada Borisa, ktorý vstúpil v prípade vojny, aby umožnil ruským jednotkám viesť vojsko, ale cára odrádza mier, ktorý prešiel mnoho rokov. Deti odchádzajú a Semyon Godunov, ktorý prišiel, oznamuje zvesť o nádherne zachránenom princovi Dimitrii. Tsarina Maria Grigoryevna sa vo svojich komorách pýta úradníka Vlasjeva na kresťanstvo a bez ohľadu na to, ako je Juliet Vlasjevev, zistí, že existoval pocit, že kráľ nebol jeho otcom, a jeho starší brat, ktorý teraz vládne, ho nemá rád. Keďže úradníkovi nedala sľub, že bude svedčiť o Borise, zavolá Dementyevnu a s rastúcim podráždením sa dozvie, že Ksenia sedela so svojím bratom a ženíchom a cár víta nové zvyky. Carina, ktorá prišla do Volochova, sa sťažuje, že Boris chytil Ksenia za Nemcov bez toho, aby sa jej to opýtali, a Nemci zrejme princeznú zapli. Volokhov sa zaväzuje, že bude božeť, aká je sila kresťana a rozdrviť ho („Existuje taký koreň“). V lese, v lúpežnom tábore, Ataman Khlopko prijíma nové doplnenie roľníkov, prekliatie Borisa a zrušenie Dómu sv. Juraja. Objaví sa Posadsky, ktorý bez obáv žiada oslobodiť svojich spoločníkov zajatých na moskovskej ceste strážcom lupičov a podáva pravdivé správy o vzhľade Carevicha Dimitriho. Posadsky zbije Khlopa, aby šiel do Bryanska a tam, keď obťažoval carevichove jednotky, dostal odpustenie a bojoval proti Godunovovi. Objaví sa Mitka a odtiahne dvoch utečencov, Michailu Povadina a Grishku Otrepyeva, ktorí žiadajú o vstup do armády bavlny. Keď Posadsky pobavil lupičov tým, že bojoval so Mitkou a nariadil vyhadzovať sudy vína, náhle zmizne, ukázalo sa, že mnísi, ktorí kráčali s ním, nevedia, kto to je.

Boris je nútený pripustiť, že objavenie sa nového nepriateľa ho zatlačilo na krvavú cestu. Semyon Godunov, poverený zistením, kto sa skrýva za menom Demetrius, hovorí, že za mučenie nevedel nič. Hľadajú meno Grishka Otrepyev, utečenecký zázrakový mních, ktorý nejako premenoval nepriateľa. Boris nariaďuje rozmnožovať špiónov a hľadať dôkazy o Romanovoch a okrem toho kvôli pretrvávajúcemu hladu rozdáva ľudu pokladnicu a prikazuje mu, aby nepočúval bájky o princovi. Carevič Fedor žiada, aby ho poslal do jednotiek, Tsarevna Ksenia smúti nad zmenou Borisa a jeho krutosťou; Kresťan sa pýta, či je Boris presvedčený o Tsarevichovej smrti, a opakuje zvesti. Deti odchádzajú, objavuje sa kráľovná, plná kresťanstva a podráždenia u kresťanov, tlmočiacich s deťmi o „kráľovi“. Kráľ zostáva hluchý, pokiaľ ide o jej požiadavku poslať kresťana preč. Semyon Godunov podáva správy o rýchlom postupe zradcov, o prenose vojsk na nich ao tvrdom odpore Basmanov. Vasily Shuisky pozýva Borisa, aby išiel sám k jednotkám alebo aby poslal kráľovnú vdovcov, aby dosvedčil smrť jeho syna. Po tom, čo Shuisky nariadil roztrhať jazyky tým, čo šíria zvesti, Boris pošle Dimitryho za svoju matku. V dome Fedora Nikitiča Romanova pijú pre princa bojari Romanovi, Sitsky, Repnin a Cherkassky. Shuisky dorazí, správy o Borinovom rozkaze, sa pýtajú na jeho hľadanie v Uglichu, odpovedá nejasne. Semyon Godunov s lukostrelcami obvinil obecenstvo, že chce otráviť panovníka jedom, vezme všetkých do väzby a obliekol Vasiliu Šuisky, aby vykonal výsluch. Boris, uvažujúc o naplnenej predikcii („Zabitý, ale živý“), ktorý prišiel do Shuisky, prikázal vyhlásiť z čela, že sám videl mŕtvolu cára v Uglichu. Medzitým poradcovia tlačia na kresťana a vysvetľujú, že by sa mal odmietnuť oženiť s Kseniam, že Boris sa zradil so strachom, že Ksenia je dcérou darebáka a sluhu. Christian, ktorý pociťuje blížiace sa klamstvo, veriaci v Borisovu vinu, nevie, o čom rozhodnúť. Ksenia prichádza a on, zmätený slovami a myšlienkami, hovorí o nevyhnutnom odlúčení a potom ju vyzýva, aby od neho utiekla pred zabijáckym otcom. Fyodor, ktorý vstúpil potichu, sa postaví za svojho otca, budú bojovať, Ksenia plače, pripomína prísahu, ktorá sa im dáva. Christian rave, a keď ho považoval za chorého, odviedli ho Ksenia a Fedor preč.

Na Červenom námestí detektívovia počúvajú rozhovory medzi ľuďmi, ktorí kráčali z rekvizity za Tsareviča Dimitriho (tam bola vyhlásená anathema Grishky). Detektívi, tlmočiaci reč vhodným spôsobom, chytia takmer každého v rade. Vasily Shuisky z miesta popravy nejednoznačne hovorí o postupujúcom nepriateľovi a hovorí o pátraní v Uglichu, takže nie je jasné, kto bol zavraždeným dieťaťom. O tomto čase sa matka princa priniesla z kláštora, teraz mníška Martha, ktorá čakala na Borisa a chcela sa pomstiť, rozhodnúť, že rozpozná podvodníka ako syna; Hovorí, že nevidela svojho mŕtveho syna, stratila city a pri pamätnej službe jej zakryli slzy. Teraz, keď sa dozvedel o príznakoch Careviča, ktorý sa objavil, pripúšťa, že bol zázračne spasený a živý. Tsaritsa Maria Grigoryevna, ktorá chce usvedčiť podvod, predstavuje Volokhov. Smútok, ktorý chytila ​​Martu pri pohľade na vraha jej syna, ju zrádza, ale odmietla pripustiť Demetriusovu smrť na verejnosti. Čoskoro doktor podá správu Borisovi o zhoršovaní kresťanského zdravia a o jeho bezmocnosti. Semyon Godunov prináša list od Dimitryho Ioannoviča, v ktorom Boris najviac oslabuje sľúbené milosrdenstvo v prípade dobrovoľného abdikovania trónu, a teda dôveru zlodejov v univerzálnu podporu. Boris žiada priniesť krátkosrstý Kleshnin, aby si bol istý, že princ zomrel. Volá sa kresťan a čoskoro informuje Xeniu a Fedora o svojej smrti.

Keď sa objaví bezsenný Boris, schovajú sa dvaja strážcovia, ktorí majú v trónnej komore nočnú stráž. Niekto si na tróne predstaví obraz niekoho, a keď nájde strážcov, pošle ich, aby skontroloval, kto tam sedí. Semyon Godunov prináša Kleshnina, ktorý potvrdzuje smrť Demetriusa, pripomína, že obdobie panovania Borisovovej, predpovedané mágmi, sa končí, vyzýva ho, aby činil pokánie a odišiel do kláštora. Ráno po tom, čo dostal informáciu od Basmanov, ktorý prišiel o čiastočnom víťazstve nad „zlodejom“, Boris hovorí Fedorovi o tom, že je potrebné oženiť sa s trónom a o prísahe, ku ktorej budú hrdinovia privedení. Fedor sa vzdáva trónu, pretože si nie je istý, že „zlodej“ nie je Demetrius. Boris zmysluplne ponúka Fedorovi nepopierateľný dôkaz o Tsarevičovej smrti a po pochopení zločinu svojho otca hrôzu odmietne dôkazy a vyhlasuje, že korunu prijme. V jedálni chlapci, ktorí čakajú na Basmanov a cár, nadávajú kliatbu a vymieňajú si správy o „princovi“. Basmanov vstúpi, sťažujúc sa na jeho nevhodné exkomunikovanie. Boris sa objaví s deťmi. Boris odmeňuje Basmanov. Bojaristi, ktorí si všimli smútku Xénie, sú ľutujú a pýtajú sa, čo s ňou robiť, „keď príde do kráľovstva“. Boris požaduje prísahu vernosti Fedorovi a schválenie tejto prísahy v katedrále, stráca silu a pády. So všeobecným zmätkom vyhlasuje, že príčinou jeho smrti nie je jed, ale zármutok odkázaný bojarom, aby dodržali prísahu, pripomína, že „zo zla sa zrodí iba zlo“ a vyhlási kráľa Fedora za odchod