Marec 1865. V Spojených štátoch počas občianskej vojny utieklo päť odvážlivcov-severných balónov z južných Richmondov. Strašná búrka ich hodí na pobrežie neobývaného ostrova na južnej pologuli. Piaty muž a jeho pes sa skrývajú v mori pri pobreží. Tento piaty - istý Cyres Smith, talentovaný inžinier a vedec, duša a vodca oddelenia cestujúcich - nevedomky udržuje svojich spoločníkov v napätí niekoľko dní, ktorí nikde nenájdu toho, kto je mu venovaný. Najviac zo všetkého trpí bývalý otrok a Smithov verný sluh je teraz čierny Neg. V balóne boli aj vojnoví novinári a Smithov priateľ, Gideon Spilet, veľmi energický a rozhodný človek, ktorý má odvahu; námorník Pencrof, dobrodruh a odvážny odvážnik; Pätnásťročný Harbert Brown, syn kapitána lode, na ktorej sa plavila Pencrof, zostal sirotom, s ktorým námorník zaobchádza ako so svojím vlastným synom. Po únavnom hľadaní nájde Nab konečne svojho nevysvetliteľne zachráneného hostiteľa, míľu od pobrežia. Každý z nových osadníkov ostrova má nenahraditeľný talent a pod vedením Cyres a Spileta sa títo statoční ľudia zhromaždia a stanú sa zjednoteným tímom. Najprv osadníci s využitím najjednoduchších dostupných prostriedkov, potom vo svojich vlastných malých továrňach vyrábajú čoraz zložitejšie predmety práce a domácich potrieb, vybavujú ich životy. Lovia, zbierajú jedlé rastliny, ustrice a potom dokonca rozmnožujú domáce zvieratá a zaoberajú sa chovom. Zaisťujú si ubytovanie vysoko v skale, v jaskyni oslobodenej od vody. Kolonisti vďaka svojej tvrdej práci a inteligencii už čoskoro nepoznajú potrebu jedla, oblečenia, tepla a pohodlia. Majú všetko okrem správy o svojej vlasti, o ktorej sa veľmi bojí.
Raz, keď sa vrátili do svojho obydlia, ktoré volali nimi žulový palác, vidia, že vo vnútri šéfujú opice. Po nejakom čase, akoby pod vplyvom šialeného strachu, opice začali vyskočiť z okien a niekto rukou vyhodil rebrík, ktorý opice zdvihli do domu. Vnútri ľudia nachádzajú inú opicu - orangutana, ktorú udržiavajú a volajú strýko Jupe. V budúcnosti sa Jupe stane priateľom, služobníkom a nepostrádateľným pomocníkom pre ľudí.
Inokedy nájdu osadníci v piesku krabicu s nástrojmi, strelnými zbraňami, rôznymi spotrebičmi, odevmi, kuchynským riadom a knihami v angličtine. Osadníci sa pýtajú, odkiaľ môže táto škatuľka pochádzať. Z mapy, ktorá sa tiež objavila v rámčeku, zistili, že vedľa ich ostrova, ktorý nie je na mape označený, je ostrov Tabor. Námorník Pencrof túži ísť za ním. S pomocou svojich priateľov stavia robot. Keď je topánka pripravená, všetci spolu idú na skúšobnú plavbu okolo ostrova. Počas toho nájdu fľašu s poznámkou, že stroskotaný muž čaká na spásu na ostrove Tábor. Táto udalosť posilňuje dôveru Pencroffa pri návšteve susedného ostrova. Pencrof, novinár Gideon Spilet a Harbert vyplávali. Po príchode do Tábora objavia malú chatrč, v ktorej podľa všetkého nikto už dlho nežil. Rozprestierajú sa po ostrove, nedúfajú, že uvidia živého človeka, a snažia sa nájsť aspoň jeho pozostatky. Zrazu začuli Harbert kričať a ponáhľať sa na jeho pomoc. Vidia Harberta, ktorý zápasí s nejakým druhom opice pestovaných opíc. Ukazuje sa však, že opica je divoký muž. Cestovatelia ho spájajú a prepravujú na svoj ostrov. Dajú mu samostatnú miestnosť v Granite Palace. Vďaka ich pozornosti a obavám sa divoch čoskoro zmení na civilizovaného človeka a rozpráva im jeho príbeh. Ukazuje sa, že sa volá Ayrton, je bývalým zločincom, chcel sa zmocniť plachetnice v Duncane a pomocou rovnakých vrstiev spoločnosti sa zmenil na pirátsku loď. Jeho plány však neboli určené, aby sa splnili, a ako trest pred dvanástimi rokmi bol ponechaný na neobývanom ostrove Tabor, aby si uvedomil svoj skutok a odčinil svoj hriech. Majiteľ „Duncan“ Eduard Glenarvan však povedal, že sa jedného dňa vráti do Ayrtonu. Osadníci vidia, že Ayrton úprimne ľutuje svoje minulé hriechy a snaží sa im byť užitočným vo všetkých smeroch. Nie sú preto ochotní ho súdiť za minulé pochybenie a ochotne ho prijať do svojej spoločnosti. Ayrton však potrebuje čas, a preto žiada o príležitosť žiť v koraloch, ktoré osadníci postavili pre svoje domestikované zvieratá v určitej vzdialenosti od Granitovho paláca.
Keď sa robot v noci vrátil z búrky z ostrova Tabor na noc, zachránil ho táborák, ktorý, ako si mysleli, vznášal sa na ňom, zapálili jeho priatelia. Ukazuje sa však, že sa na tom nezúčastňovali. Ukazuje sa tiež, že Ayrton nevrhal do mora fľašu bankoviek. Osadníci nemôžu vysvetliť tieto záhadné udalosti. Stále viac sa prikláňajú k myšlienke, že na ostrove Lincoln, keď ho krstili, existuje ešte niekto, ich záhadný dobrodinec, ktorý často pomáha v najťažších situáciách. Dokonca sa púšťajú na pátraciu výpravu v nádeji, že nájdu svoje bydlisko. Hľadanie sa však nedarí.
Budúce leto (od doby, keď sa Ayrton objavil na svojom ostrove a predtým, ako im rozprával svoj príbeh, uplynulo už päť mesiacov a leto skončilo a je nebezpečné plávať v chladnom období), rozhodnú sa vrátiť Taborské ostrovy nechajú v chate poznámku. V poznámke majú v úmysle varovať kapitána Glenarvana, ak sa vráti, že Ayrton a ďalších päť obetí havárie čakajú na pomoc na susednom ostrove.
Osadníci žijú na svojom ostrove tri roky. Ich život, ich hospodárstvo dosiahli prosperitu. Už teraz zbierajú bohaté plodiny pšenice vypestovanej z jediného zrna, ktoré bolo nájdené v Harbertovom vrecku pred tromi rokmi, postavili mlyn, chovanú hydinu, kompletne vybavili svoje obydlie, vyrobili si nové teplé oblečenie a prikrývky pre seba z muflónovej vlny. Ich pokojný život je však zatienený jedným incidentom, ktorý im hrozí smrťou. Raz pri pohľade na more videli v diaľke dobre vybavenú loď, ale nad ňou letí čierna vlajka. Loď kotví pri pobreží. Ukazuje krásne zbrane s dlhým doletom. Ayrton sa vkradne do lode pod nočným krytom, aby vykonal prieskum. Ukazuje sa, že na lodi je päťdesiat pirátov. Zázrakom, ktorý sa od nich vykĺzol, sa Ayrton vracia na pobrežie a informuje svojich priateľov, že sa musia pripraviť na bitku. Nasledujúce ráno dve lode zostúpia z lode. Na prvý osadníci zastrelia tri a ona sa vráti, druhá krajina na pláži a šesť zvyšných pirátov na jej koži v lese. Kanóny sú spálené z lode a blíži sa k pobrežiu. Zdá sa, že nič nemá moc zachrániť hrsť osadníkov. Zrazu sa pod loď prudko vlní obrovská vlna a klesá. Všetci piráti na ňom zomrú. Ako sa neskôr ukázalo, loď bola vyhodená do vzduchu baňou a táto udalosť konečne presvedčila obyvateľov ostrova, že tu nie sú sami.
Spočiatku nebudú pirátmi vyhladzovať a chcú im dať príležitosť viesť mierový život. Ukazuje sa však, že lupiči to nie sú schopní. Začnú okrádať a horieť domácnosti osadníkov. Ayrton chodí na koralové na návštevu zvierat. Piráti ho chytili a zobrali do jaskyne, kde ho chcú mučiť, aby s mučením súhlasili. Ayrton sa nevzdáva. Jeho priatelia idú na jeho pomoc, ale sú vážne zranení pri Harbertovom koralovi a jeho priatelia v ňom zostávajú, nemôžu sa vrátiť s umierajúcim mladým mužom. Po niekoľkých dňoch stále odchádzajú do žulového paláca. V dôsledku tohto prechodu Harbert začína malígna horúčka, je po smrti. Opäť platí, že prozreteľnosť zasahuje do ich života a ruka ich dobrého tajomného priateľa im hodí potrebný liek. Harbert sa úplne zotavuje. Osadníci majú v úmysle urobiť poslednú ranu pirátom. Idú do koralov, kde ich majú v úmysle nájsť, ale nájdu Ayrtona, ktorý je vyčerpaný a sotva nažive a v jeho blízkosti sú mŕtvoly lupičov. Ayrton uvádza, že nevie, ako skončil v korale, ktorý ho priviedol z jaskyne a zabil pirátov. Uvádza však jednu smutnú správu. Pred týždňom šli banditi na more, ale nevedia, ako ovládať robota, zlomili ho na pobrežných útesoch. Výlet do Tábora sa musí odložiť až do výroby nového vozidla. Počas nasledujúcich siedmich mesiacov sa tajomný cudzinec necíti. Medzitým sa na ostrove prebudí sopka, ktorú si kolonisti myslia, že je už mŕtvy. Stavia novú veľkú loď, ktorá ich môže v prípade potreby dopraviť na obývanú zem.
Jedného večera, už pripravení ísť spať, obyvatelia Granitovho paláca začujú zvonček. Telegraf, ktorý strávil od koralov do ich domu, funguje. Naliehavo sú povolaní do koralov. Tam nájdu poznámku, v ktorej ich žiadajú, aby si vybrali ďalší drôt. Kábel ich vedie do obrovskej jaskyne, kde k svojmu úžasu vidia ponorku. V ňom sa stretnú so svojím pánom a patrónom kapitánom Nemom, indickým princom Dakkarom, ktorý celý život bojuje za nezávislosť svojej vlasti. On, už šesťdesiatročný muž, ktorý pochoval všetkých svojich spolupracovníkov, je blízko smrti. Nemo dáva novým priateľom rakvu so šperkami a varuje, že keď vybuchne sopka, ostrov (taká je jeho štruktúra) vybuchne. Zomrie, osadníci postavia poklopy lode a spustia ich pod vodu. Neustále stavajú novú loď celý deň. Nemajú však čas to dokončiť. Celý život zahynie počas výbuchu ostrova, z ktorého zostáva len malý útes v oceáne. Osadníci, ktorí strávili noc v stane na brehu, sú vrhaní do mora vzdušnou vlnou. Všetci s výnimkou Jupea zostávajú nažive. Už viac ako desať dní sedia na útesoch, takmer umierajú hladom a už viac nedúfajú. Zrazu vidia loď. Toto je Duncan. Zachráni každého. Ako sa neskôr ukázalo, kapitán Nemo, zatiaľ čo robot bol stále v bezpečí, sa vznášal na Tábore a zachránil záchranárom poznámku.
Vracajúc sa do Ameriky za šperky, ktoré venoval kapitán Nemo, si priatelia kúpili veľkú časť pôdy a žili na nej rovnako ako bývali na ostrove Lincoln.
