V dome Ivana Petroviča Shuiskyho sa za prítomnosti mnohých duchovných a niektorých bojarov rozhodli rozviesť Fyodora Ioannoviča s cárinou, Godunovou sestrou, vďaka ktorej je Boris podľa všetkého udržiavaný. Tvoria noviny, v ktorých si pamätajú neplodnosť kráľovnej a detstvo Demetriusa a žiadajú kráľa, aby uzavrel nové manželstvo. Golovin na Shuisky naznačuje, že je možné umiestniť Demetriusa namiesto Fedora, ale dostáva prísne odmietnutie. Princezná Mstislavskaya nesie hostí okolo, pije zdravie Fedora. Shakhovsky, ženich Mstislavskaja, dohadzovač Volokhov nazýva miesto tajného stretnutia. Ivan Petrovich poslal petíciu metropolite a nariekal nad tým, že je potrebné zničiť kráľovnú. Jeho majster Fedyuk Starkov informuje o tom, čo Godunov videl. Po tom, čo dostal od Uglicha informácie o Golovinovom vzťahu s Nagimim a videl hrozbu pre jeho moc, oznamuje svojim stúpencom Lup-Kleshnin a princovi Tureninovi rozhodnutie o zmierení so Shuisky. Fyodor dorazí a sťažuje sa na vyradeného koňa. Objaví sa Carina Irina, ktorú Fedor zlomyseľne hlási o kráse Mstislavskej, ktorú videl v kostole, a okamžite uisťuje Tsarinu, že je pre neho krajšia ako všetci ostatní. Godunov hovorí o túžbe zmieriť sa so Shuisky a car sa s radosťou zaoberá.
Fedor oznamuje svoj úmysel zmieriť Godunov so Shuisky a žiada o pomoc metropolitné dionýzie a ďalších duchovných. Dionýzia obviňuje Godunova z útlaku cirkvi, zhovievavého voči heretikom a obnovenia výberu daní, z ktorých bol kostol oslobodený. Godunov mu predkladá ochranné listy a správy o prenasledovaní uskutočnenej herézy. Kráľ žiada Irinu a bojarov o podporu. Spolu s populárnym nadšením prichádza Ivan Petrovič Shuisky. Fedor mu vyčítava, že nenavštívil Dumu, Shuiskyho odrádza nemožnosť súhlasu s Godunovom. Fjodor, ktorý si pamätá na Písmo a povolal duchovných za svedkov, hovorí o výhodách zmierenia a Godunov, ktorý sa mu poslúcha, ponúka Shuisky súhlas. Shuisky mu vyčítava, že nechce zdieľať štátnu správu, ktorú Ján odkázal piatim bojarom: Zakharjin (zomrelý), Mstislavsky (násilne mučený), Belsky (vyhostený), Godunov a Shuisky. Godunov, ktorý sa ospravedlňuje, hovorí o Shuiskyovej arogancii, že výhradnú moc využil v prospech Ruska, čo dokazuje aj; dodáva, že náročnou úlohou usporiadania frustrovaného stavu bolo práve Shuysky. A keď Ivan Petrovič zavolá svojho podporovateľa Metropolitu, podá správu o činnosti Godunova v prospech cirkvi a presviedča Shuiskyho k mieru. Irina, ktorá ukazuje vyšívaný kryt svätyne Pskov, pripúšťa, že toto je jej modlitebný sľub o spasení Shuisky, ktorý bol obliehaný Litovčanmi v Pskove. Vzrušený Shuisky je pripravený zabudnúť na staré nepriateľstvo, ale požiadavky jeho bezpečnostných spolupracovníkov od Godunova. Godunov prisahá a bozkáva kríž. Pozývajú zvolených z davu, ktorý priniesol Shuisky. Fyodor hovorí so starým človekom a nevie, ako ho zastaviť. Vo svojom synovcovi uznáva obchodníka Krasilnikov, ktorý ho nedávno pobavil bojom s medveďom, spomína na svojho brata Goluba, ktorý porazil Šakovovského v päste - Godunov a Shuisky nedokázali okamžite vrátiť cisára, na čo boli voliči povolaní. , Shuisky oznamuje zmierenie s Godunovom, obchodníci sa obávajú („Zmierujete naše hlavy“), Shuisky je otrávený nedôverou voči osobe, ktorá práve prisahala na kríž. Obchodníci žiadajú o ochranu pred kráľom Godunov, ale pošle ich Borisovi. Boris tiše prikazuje napísať mená obchodníkov.
V noci v záhrade Shuisky princezná Mstislavskaya a Vasilisa Volokhova čakať na Shakhovsky. Prichádza, hovorí o láske, o netrpezlivosti, s ktorou svadba čaká, smeje sa a žartuje s ňou. Krasilnikov uteká, púšťa, Shakhovsky sa skrýva, žiada Ivana Petroviča a hlási, že každý, kto bol s carom, bol zajatý na pokyn Godunova. Šokovaný Shuisky prikazuje Moskve vstúpiť do Godunova. Naznačil, že sa Dimitri Golovin náhle rozpadol a keď povedal, že Boris sa klamal, podišiel k cárovi. Zostávajúci bojari medzitým prerokúvajú petíciu a hľadajú novú kráľovnú. Vasily Shuisky volá princeznú Mstislavskú. Jej brat sa okamžite nerozhodol, chcel nájsť aspoň dôvod pre hádku so Shakhovským. Zatiaľ čo váhá, Golovin píše meno princeznej do petície. Shakhovskaya sa objaví, vyhlasovať, že sa nevzdá nevesty. Nájdeme tiež princeznú a Volochovu. So všeobecným výkrikom, vzájomnými hrozbami a výčitkami Shakhovskaya chytí list a utečie. Godunov predkladá cárskym štátnym dokumentom, do ktorých obsahu nepôjde, ale súhlasí s Borisovými rozhodnutiami. Tsarina Irina hovorí o liste Uglicha od kráľovnej vdovy so žiadosťou o návrat s Dimitriom do Moskvy. Fyodor prípad zveril Borisovi, ale Irina od neho požadovala riešenie „rodinnej záležitosti“; Fedor tvrdí s Borisom a je naštvaný jeho húževnatosťou. Shuisky prichádza, sťažuje sa na Godunov. Odomkne sa a vysvetľuje, že obchodníci neboli vzatí za minulosť, ale za pokus narušiť svet medzi ním a Shuisky. Cár je pripravený odpustiť Godunovovi v presvedčení, že si jednoducho nerozumeli, ale neúnavná požiadavka opustiť kniežaťa v Uglichu sa na cára nahnevá. Godunov hovorí, že ustupuje Shuisky, Fedor ho prosí, aby zostal, Shuisky, zranený cárovým správaním, odchádza. Kleshnin prináša list Golovina Nagima zaslaný z Uglichu, Godunov to ukazuje cárovi a požaduje, aby bol Shuisky vzatý do väzby a prípadne popravený. V prípade zlyhania hrozí odchodom. Šokovaný Fedor po dlhom zaváhaní odmietne služby Godunova.
Konzultanti Ivan Petrovič Shuisky princezná Mstislavskaja: nedovolí jej, aby si vzala cára, a dúfa, že ich Shakhovskaya neinformuje. Po vyslaní princeznej prijíma bojary a utečencov Krasilnikov a Dove a za predpokladu odstránenia chudobného Fedora a zosadenia Demetriusa definuje úlohy každého. Odcudzený Godunov, ktorý sedel doma, sa pýta Kleshninovej na Volokhovu a opakovane opakuje „tak, aby priniesla suka princovi“. Kleshnin posiela Volokhovovi do UGLICHu novú matku, prikazuje mu, aby bol chránený, a naráža na to, že ak sa knieža trpiaci na paddy zabije, nebude sa na to pýtať. Medzitým Fedor nemôže prísť na to, čo mu boli predložené. Kleshnin prichádza a hlási, že Boris ochorel frustrovane a Shuisky musí byť okamžite uväznený za úmysel povýšiť Demetriusa na trón. Fedor neverí. Vstúpi Shuisky, o ktorom Fedor hovorí o výpovedi a žiada ho, aby sa ospravedlnil. Princ odmieta, kráľ trvá na tom, Kleshnin tlačí. Shuisky sa prizná k povstaniu. Fjodor, vystrašený z toho, že Godunov potrestá Shuisky zo zrady, vyhlasuje, že sám nariadil postaviť princa na trón a vytlačil šokovaného Shuisky z miestnosti. Shakhovskaya vtrhla do kráľovských komôr a žiada, aby mu nevesta vrátili. Fedor, ktorý videl podpis Ivana Petroviča Shuiskyho, plače a nepočúva Irinine argumenty o absurdite novín. Chráni Irinu pred urážkami, podpíše Borisovov poriadok, vydesí ju aj Šakhovského. Na moste cez rieku starý muž vzbúril ľudí pre Shuisky, husár spieva o svojej odvahe. Posol jede so správou o postupe Tatárov. Princ Turenin s lukostrelcami vedie Shuisky do väzenia. Ľudia, vyhnaní starcom, chcú Shuisky oslobodiť, ale hovorí o jeho vine pred „svätým“ kráľom a že si zaslúžia trest.
Kleshnin podáva Godunovovi správu o tom, že Shuiskyovci a ich podporovatelia sú uväznení, a predstavuje Vasiliu Ivanovičovú Shuisky. Obracia sa na vec, akoby začal petíciu za dobro Godunova. Keďže Bohunov pochopil, že Shuisky je vo svojich rukách, pustí ho. Tsarina Irina sa prihovára za Ivana Petroviča. Godunov, uvedomujúc si, že Shuisky sa s ním neprestane hádať, je neúprimný. Na námestí pred katedrálou žobráci hovoria o zmene metropolity, ktorá je v rozpore s Godunovom, o poprave obchodníkov, ktorí stáli za Shuisky. Tsarina Irina vedie Mstislavskaja k žiadosti o Shuisky. Fedor vychádza z katedrály a slúžil rektorovi cisárovi Ivanovi. Princezná sa ponáhľa k nohám. Fedor pošle princa Turenina na Shuisky. Turenin však uvádza, že Shuisky sa v noci uškrtil, obviňuje sa z prehliadania (pretože porazil dav privedený do väzenia Shakhovským a odrazil iba strelením Shakhovského). Fedor sa ponáhľa do Tureninu, obviňuje ho zo zabitia Shuisky a hrozí mu popravou. Posol prináša list od Uglicha o smrti princa. Šokovaný kráľ chce sám zistiť pravdu. Prichádza správa o prístupe Chána a skorom obliehaní Moskvy. Godunov ponúka poslať Kleshnin a Vasily Shuisky a Fedor je presvedčený o Godunovovej nevine. Princezná Mstislavskaya hovorí, že má v úmysle nechať ostrihať vlasy. Fyodor na radu svojej manželky prenesie celé bremeno vlády na Borisa a pamätá na svoj úmysel „dohodnúť sa na všetkom, vyhladiť všetko“, truchlí nad jeho osudom a kráľovskou povinnosťou.