Román sa skladá z piatich častí - každá hovorí o jednom z popráv Pána, ktorý padol na zem, ako predpovedal prorok Ezekiel.
Prvá časť - „Podobenstvo o stratenom bratovi“ - hovorí o druhom popravení - hlad. Táto scéna je hladnou Ukrajinou v časoch kolektivizácie; 1933. V vidieckej čajovni sa Mária, žobrák, snaží prosiť o niečo Krista, ale nikto jej nedá - okrem židovského chlapca, ktorý s ňou zdieľa nečistý chlieb exilu. Dedinčania sú pobúrení činom cudzinca; dievčatský chlieb sa vezme. Chlapec, ktorý dal svoj chlieb, je Dan, Aspid, Antikrist, brat Krista Mesiáša. Prostredníctvom zjavení prorokov komunikuje s Pánom, ktorý ho poslal na zem, do Ruska, pretože tento ľud klamal Pánovi, opustil ho - a tak nahradil drevené jarmo železným jarmo.
Dievča Mária sa spolu so svojím mladším bratom Vasyom vracia do svojej hladujúcej dediny. Matka sa rozhodne odlúčiť rodinu - hodiť jedno z detí na cudzinca, niekoho nechať; odchádza za prácou do iného mesta. Pred odchodom vedie Máriu a Vasya do mesta; pre hladné dieťa cudzinec znovu podáva chlieb, ale jeho matka vyhodí kus „nie nášho, nie pravoslávneho“. Neskôr v meste deti opäť požiadajú Antikrista o almužnu, ale tentokrát ich zastaví policajt - žobranie je zakázané.
Opustené matkou, deti spadnú do prijímača. Dostávajú sprievodcu, aby sa s pomocou mohli vrátiť domov. Na ceste dirigent znásilňuje Máriu a utečie. Deti opäť idú do útulku; v noci im strážca rozpráva príbeh o „Božom dieťati“ „Ježiša Krista“, ktorý bol mučený Židmi. Mária je odvedená z mesta. Dievča utečie; Keď bola sama v zasneženom poli, putovala ňou a plakala Božím volaním, z ktorého je osvietené srdce. Maria hľadá svoju staršiu sestru Ksenia, žije vo svojom dome asi rok. Len čo sa stane zbytočným svedkom rodinných scén (jej sestra podvádza svojho manžela a jej milenca) a je poslaná späť do dediny. Ani tu nie je nikto šťastný; plačúc z nespravodlivosti sa Mária znova túla po poli; tam stretne Dana, antikrista. Na otázku o príčine sĺz dievča odpovedá: „pretože židovskí Židia zabili Syna Božieho a teraz je v nebi, a Vasya, môj brat, na zemi, v meste Izum.“ Izaiášovo proroctvo sa stalo skutočnosťou: „Bola som odhalená tým, ktorí sa ma nepýtali, tí, ktorí ma našli, ma nehľadali.“
Mary ide k Kerch, k jej matke. Po čase, matka zomrie, sa Mary stáva prístavnou prostitútkou. Akonáhle bude mať hlad, znova sa stretne s Danom a dá jej nečistý chlieb. Mary ho platí svojou láskou. Antikrist ide ďalej; Zem a ľudia, ktorí ležia Pánovi, sú predurčení na druhý trest - meč. Mary, odsúdená za prostitúciu a trápenie, rodí syna Vasya vo väzení od Dana. V roku 1936 zomrie.
Druhá časť sa začína diskusiou o napodobňovaní Pána - inštinktívne alebo prostredníctvom mysle. Autor obhajuje myšlienku, že Židia nie sú lepší a horší ľudia; ale tento ľud je pozoruhodný svojimi prorokmi, ktorí vedeli, ako počúvať Pána. V časti „Podobenstvo o agónii bezbožných“ sa hovorí dievčaťu Annushke. Žije v Rzheve so svojou matkou a dvoma bratmi; jeden z nich zomrie zavinením svojej sestry. Len čo zlodeji prídu do Annushky; počas vyšetrovania dievča poukazuje na nevinného muža - je poslaný do väzenia. Matky dostanú nový byt. Raz Dan, Antikrist príde do Annushka. Pri skúmaní nástenných malieb na stenách (Annushka žije v bývalom kostole - kvôli tapete na stene sa objavuje tvár Krista), uvažuje o tom, že cirkevní predstavitelia nahradili Krista modlou, ktorú vykopal alexandrijský mních; teraz, na jar 1941, bol tento mních zase nahradený „asýrskym kúpeľným sprievodcom“ - Stalinom. Proti Rzhevovým chatám má Antikrist víziu meča - slová Pána sa splnia: „Beda mestu krvi a ja zahasím veľký oheň.“ Vojna začína. Annushka matka zomiera; Dievča ide do sirotinca. Annushka, ktorá počas okupácie dokázala komunikovať s Nemcami, sa naučila nenávidieť Židov. Dojčenská dievčina Shulamith ju obťažuje. Annushka, ktorá je očividná skutočnosťou, že počas evakuácie prišla k dobrej adoptívnej matke, informuje Nemcov, že Sulamith nie je Rus. Židovka je zabitá, Annushka je poslaný do Nemecka, aby pracoval. Pred odchodom Dan príde do vlaku a požiada dievča, aby nahlas prečítalo v Nemecku list papiera, ktorý jej dá. Antikrist musí preklínať Nemcov, pretože Pán kedysi preklial Babylona Jeremiášom. Samotný prorok nemôže vstúpiť na bezbožnú zem.
Jedna zo žien, ktoré boli ukradnuté spolu s Annushkou, žiada Dana, aby vzal jej dieťa, dievča Pelageya. Nemci, ktorí si všimli Žida, sa ho snažia zabiť, ale je nemožné zabiť Antikrista.
Annushka napĺňa Danov príkaz - zlé Nemecko, ktoré nenávidí Boha a jeho milovaných ľudí, je prekliate. Annushka sa čoskoro umrie na horúčku.
Akcia „Podobenstvo cudzoložstva“, ktorá hovorí o treťom popravení - chtíč, sa koná v roku 1948. Rodina Kolosov žije v meste Volga v Bor - frontový vojak Andrei, jeho manželka Vera a dve dcéry Tasya a Ustya. Neďaleko žije zvláštna židovská rodina - Dan Yakovlevich a jeho dcéra Rufina, ktorí sú úplne odlišní od židovky. Vera Koposová, ktorej vzťah s manželom je veľmi komplikovaný (verí, že jeho manželka mu bola počas vojny neverná), sa po stretnutí s Danom zamiloval do neho. Uvedomujúc si, že nemôže priamo zviesť Žida, prináša so sebou svoju dcéru Tasya. Zamiluje sa aj do Dany. O týchto dátumoch to zistí otec. Spolu so scammerom Pavlovom sa snažia zabiť Antikrista, ale nie je to možné. Faith prichádza k Danovi a ponúka jej príhovor výmenou za spánok s ňou. Antikrist, milujúca dcéra, je nútená dopustiť sa cudzoložstva so svojou matkou. Rufina sa náhodou stala svedkom ich stretnutia a Tasia vidí všetko a hovorí o hriechu matky so svojím otcom. Najprv sa pokúsi zabiť svoju manželku, potom toho dňa zomrie smútok. Rufina medzitým utečie do lesa; tam ju takmer znásilnil chúlostivý antisemitský Pavlov; Dievča je zachránené iba vďaka vzhľadu dvojice. Po tejto skúsenosti si Ruth uvedomí, že je prorokyňou, a zmieri sa so svojím otcom, s kliatbou očistenou od hriechu.
Štvrtá časť, ktorej základom je „Podobenstvo o Duchu chorobe“, hovorí o prenasledovaní Židov začiatkom 50. rokov 20. storočia. Tomuto podobenstvu predchádza úvod - autorove úvahy o ruskom antisemitizme. Za túto duchovnú chorobu Boh posiela štvrtý trest - choroba, mor.
Dve deti prichádzajú do Moskvy, do rodiny Ivolginov, pozostávajúcej z židovského umeleckého kritika, jeho ruskej manželky Claudiusovej a ich syna Savelyho, Niny a Mishy z Vitebska. Sú to synovia z Claudia; ich rodičia boli zatknutí na základe obvinenia z bieloruského nacionalizmu. Orioles, ľudia, ktorí sa boja všetkého, ktorí v každom smere skrývajú svoje židovstvo, opustia svoje deti. Rodina Ivolginovcov mlčky sledujú dvaja z ich susedov v byte - židovský školník Dan Yakovlevich a jeho dcéra. V krajine v tejto dobe existujú masívne odhalenia židovských kozmopolitov. Zbabelý Ivolgin, ktorý sa snažil chrániť pred zatknutím účasťou na prenasledovaní svojho ľudu, bol čoskoro zatknutý. Pri prvom výsluchu ho vyšetrovateľ zabil.
Po roku 1953 má vdova Claudia nového obdivovateľa - starca Ilovaiskyho, rozumného antisemita. Dlho diskutoval s Danom o ruskom kresťanstve. Napríklad, starý muž láme šálku: celok je jednoduchý; zlomený, stáva sa komplikovaným Antikrist Dan, cíti, že je nemožné tvrdiť, že Ilovaisky - kresťanstvo je v gréckych a stredovekých interpretáciách príliš skreslené. Slovo, ktoré hovorilo evanjelium Jána a Ilovayského, v skutočnosti iba zhoršuje význam.
Predslov k piatej časti - „Podobenstvo o zlomenej chalici“ - je autorovým diskurzom o vzťahu medzi judaizmom a kresťanstvom. Hrdinami piatej časti sú deti Antikrista z rôznych matiek: Andrei Koposov, syn Very, Vasily Korobkov, syn Márie, a prorokyňa Pelageya-Ruth, adoptovaná dcéra Dan. Vasily, Andrei a Savely Ivolgin študujú na Literárnom ústave. Sám Andrew prichádza do Biblie a chápe jej význam - opak kresťana. Kedysi sa mladí ľudia zbližujú na módnej prehliadke v galérii Tretyakov; Pelagia uznáva v militantnom antisemite Vasilijovi syna svojho otca. Prekliatie „Židov“ robí škandál. Keď sa Vasily presvedčil o svojej podobnosti so svojím otcom, „Židom“, zavesil sa.
Andrei navštevuje jeho matka Vera Koposova. Hovorí mu, že je Danovým synom. Andrei, „dobré semeno“, sa stretáva s jeho otcom; zhromaždená rodina ticho oslavuje židovský náboženský sviatok.
Saveliy, ktorý je z polovice šialený z nevyhasenej túžby, vytvára v alchymickej banke dvoch „filozofických mužov“. V rozhovoroch s nimi sa učí odpovede na najdôležitejšie otázky - o cestách k Bohu, o pravde, dobre a zlom, o racionálnom odôvodnení viery v Boha. Nakoniec upadol do šialenstva a bol prevezený do psychiatrickej liečebne.
Pelagia, žijúca v panne, cíti, že nadišiel čas stať sa ženou. Podľa príkladu Lotových dcér zvádza svojho otca Antikrista. Ten, cítiac, že sa naplňuje Pánov plán, znásilňuje ju, zatiaľ čo je pod vplyvom alkoholu. Prorokka Pelagia počala syna z Antikrista. Ten, kto urobil všetko, čo mu bolo na zemi určené, zomrie. Pred svojou smrťou dá pokyn svojmu synovi Andreim, ktorý ide k Bohu najťažším spôsobom - cez myseľ, cez pochybnosti.
Syn Pelagie a Antikrista, tiež Dan, počúva, ako mu jeho matka číta prejavy proroka Deuteronómie, dlho predtým, ako Kristus vyjadril rovnaké myšlienky.
Andrei, Pelagia so svojím synom a Saveliy sa uzdravili, idú z mesta do lesa. Pri pohľade na tvrdú zimnú prírodu chápu podstatu antagonizmu Krista a Antikrista: prvý - ochranca hriešnikov a prenasledovateľov, druhý - chráni obete prenasledovania. Počíta sa s prenasledovaním, čo je piate najhoršie popravenie - smäd podľa slova Pána, od ktorého Kristus nezachráni.
